Uma vez eu tinha visto como usar a mesma caixa de entrada no Windows e no Linux em algum lugar... Mas como não tinha suporte a escrita na minha partição NTFS e eu não queria usar FAT32, deixei de lado a idéia.

Mais como surgiu o ntfs-3g, agora para mim é possível.

Siga os passos:

1 - Deve-se criar a conta no Windows e no Linux com as mesmas configurações.

2 - Deve-ser ter suporte a escrita no sistema de arquivos do Windows.

3 - Vá para o Linux e abra o Thunderbird e vá em "Editar > Configurar Contas"

4 - Vá na opção "Servidor" da sua conta e lá embaixo da janela de configuração vai ter a opção "Pasta Local".

5 - Altere para a localização dos e-mails que ficam no Windows. Por padrão ficam em: /PontodemontagemdoC/Documents and Settings/Usuario/Dados de aplicativos/Thunderbird/Profiles/seuprofile/Mail/seuemail.

Dessa maneira você vai ter os e-mails nos dois Sistemas Operacionais.

Um fato a ser observado é que os e-mails antigos do Thunderbird do Linux vão ficar inacessíveis, mais isso pode ser revertido trocando a "Pasta Local" para a opção padrão novamente.